필립스코리아 법인세 취소 소송, 대법서 뒤집혀… 파기환송

2025-11-18

국외 특수관계인으로부터 제품을 들여오며 정상가격보다 높은 이전가격을 적용했다는 이유로 법인세를 부과받은 필립스코리아가 이를 취소해달라고 제기한 소송에서, 대법원이 원심의 취소 판결을 뒤집고 사건을 파기환송했다.

19일 법조계에 따르면 대법원 2부(주심 엄상필 대법관)는 필립스코리아가 남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소 소송에서 원고 승소 판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 지난달 서울고법으로 돌려보냈다.

필립스코리아는 필립스그룹 소속 국외 특수관계인들로부터 의료장비, 소형가전 등 제품을 수입해 국내에 판매해왔다. 회사는 사업 부문별로 거래순이익률 방법(영업이익률을 순이익률 지표로 사용)에 따라 산출한 이전가격을 기준으로 소득을 조정해 법인세 과세표준과 세액을 신고했다.

서울지방국세청은 2016년 7월부터 2017년 6월까지 필립스코리아의 2012~2015년 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하면서, 사업 부문별로 거래순이익률 방법을 적용해 정상가격을 다시 산출했다. 국세청은 필립스코리아가 의료장비 및 소형가전 부문에서 정상가격보다 높은 가격으로 제품을 매입했다고 보고, 익금산입 조정이 필요하다고 판단해 과세자료를 남대문세무서에 통보했다. 이에 남대문세무서는 2017년 8월 필립스코리아에 2012~2015년 법인세 90억 4661만 원을 경정·고지했다.

필립스코리아는 조세심판원에 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 일부 부문에 대한 조정 필요성을 인정해 재조사를 명했다. 국세청은 이에 따라 일반조명 부문을 취소하고 일부 세액을 환급했다. 그러나 필립스코리아는 의료장비와 소형가전 부문에 대해서도 과세 처분이 부당하다며 행정소송을 제기했다.

쟁점은 의료장비사업 관련 조정대상 국제거래의 특정과 각 사업부 비교 대상업체 선정의 적정성이었다. 1심은 과세 처분이 적법하다고 보아 필립스코리아의 청구를 기각했으나, 2심은 “비교 가능성 평가가 잘못됐다”며 처분을 취소하고 원고 승소 판결을 내렸다.

그러나 대법원은 원심 판단을 그대로 인정하지 않았다. 대법원은 소형가전 부문에 관한 원심 판단은 수긍했지만, 의료장비 부문과 관련해서는 법리 오해가 있다고 보았다. 대법원은 “필립스코리아와 국외 특수관계인들 사이에 의료장비 공급거래와 별도로 독립적인 ‘유지보수 서비스 지원’ 거래가 존재한다고 보기 어렵고, 세무서가 선정한 비교 대상업체 역시 합리적이라고 볼 여지가 있다”며 원심을 파기·환송했다.

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