[예규·판례] 의정부지법 “지자체 허가 지연, ‘정당’…종부세 추징 불가”

(조세금융신문=안종명 기자) 지방자치단체의 허가·심의 지연으로 주택건설사업계획 승인이 늦어진 경우 이는 납세자의 통제를 벗어난 ‘정당한 사유’에 해당해 감면받았던 종합부동산세를 사후 추징할 수 없다는 법원 판단이 나왔다.

재판부는 인허가 지연이 납세자가 실질적으로 영향력을 행사할 수 없는 외부 사정임을 전제로 추징 처분의 위법을 인정했다.

의정부지방법원 행정재판부는 건설회사가 세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세 등 추징처분 취소소송에서 “사업계획 승인 지연의 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유인 경우 감면세액을 추징할 수 없다”며 원고 청구를 인용했다. (의정부지법 2024구합11193, 2025. 9. 16.)

이번 사건은 재정비촉진지구 내 공동주택 부지를 원고가 매수한 뒤 주택건설사업계획 승인을 추진하는 과정에서 건축위원회의 보류·부결과 구청장의 반복 보완 요구로 절차가 장기간 지연된 데서 비롯됐다.

원고는 취득 후 조세특례제한법 104조의19 제1항 제1호에 따라 합산배제 신고를 해왔으나, 과세당국은 취득일로부터 5년 내 승인 미획득을 이유로 각 귀속연도 종합부동산세·농어촌특별세를 추징했다.

원고는 인허가 확보를 위해 건축계획을 순차 보완해 제출했지만, 건축위원회는 선행 단계에서 심의를 보류하거나 부결했고, 구청장은 “건축위원회 심의 절차를 이행하라”는 보완 요구를 되풀이했다.

소송 경과도 엇갈렸다. 선행 소송에서는 일부 처분사유만 인정되어 원고 패소로 확정된 반면, 이어진 후행 소송에서는 처분사유가 모두 인정되지 않아 거부처분이 취소되었고, 항소·상고 기각으로 확정됐다. 이후 원고는 교통영향평가 재진행과 디자인 자문 반영 등 보완을 거쳐 최종 승인을 받았다.

재판부는 조세특례제한법 104조의19 체계를 전제로 입법취지(분양가 상승 억제, 특례 남용 방지, 사업 지연 방지)를 고려하더라도 승인 지연이 납세자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유에 해당하면 추징을 허용할 수 없다고 보았다.

아울러 ‘정당한 사유’는 법령상·사실상 장애, 준비기간의 장단, 사업자의 진지한 노력, 행정관청의 귀책사유 등을 종합해 개별 사안별로 판단해야 한다는 대법원 판례(94누4141, 2016두37867)의 기준을 재확인했고, 해당 특례의 목적·체계에 관한 최근 대법원 2023두50516(2025. 7. 16.)의 취지도 인용했다.

구체적으로 재판부는 ▲선행 소송에서 다수 처분사유가 인정되지 않았고, 인정된 사유도 소송 진행 중 추가된 점, ▲후행 소송에서는 처분사유가 전부 부인되어 거부처분이 취소·확정된 점, ▲건축위원회 보류·부결과 구청 보완 요구로 절차가 상당 기간 사실상 중단된 점, ▲원고가 반복 보완 끝에 최종 승인을 받은 점 등을 들어 원고에게 지연의 귀책사유를 돌리기 어렵다고 판단했다. 그 결과 각 귀속연도 종합부동산세·농어촌특별세 추징처분은 모두 위법하다고 보았다.

아울러 재판부는 “종합부동산세 부과처분은 지방세인 재산세 자료에 기초하더라도 근거 법률·처분권자·절차가 다른 독립 처분”이라며, 재산세 처분 취소가 선행되어야만 종부세 경정이 가능하다는 과세당국 주장을 배척했다. 종부세의 적법성은 재산세와 별도로 판단된다는 취지다.

결국 법원은 “원고에게 정당한 사유가 있다”며 각 귀속연도 종합부동산세 및 농어촌특별세 추징처분 전부를 취소했다.

[참고 심판례: 의정부지방법원-2024-구합-11193]