[예규‧판례] 조세심판원, 단순오류로 늦게 받은 세금계산서…법정발급기한 지켰다면 매입공제허용

(조세금융신문=고승주 기자) 조세심판원이 공급 이후 받은 세금계산서라도 법정기한 내 발급된 것이라면, 매입세액 공제를 허용해줘야 한다는 결정을 내렸다(조심 2024인4166, 2025. 06. 30.).

이러한 법리는 부가가치세법 시행령에서 허용하는 지극히 당연한 법리지만, 세금계산서를 법정기한 내 제대로 제출했어도, 단순오류를 고치기 위해 수정 세금계산서(수정세금계산서) 발급이 늦어진 경우도 매입세액 공제를 받을 수 있느냐가 관건이 됐다.

조세심판원은 청구법인 A가 수정세금계산서가 법정 제출기한을 어겼다는 이유로 매입세액공제에 따른 부가가치세 환급을 거부한 서인천세무서에 대해 A에 매입공제만큼 세금을 돌려주라는 취지로 심판 결정을 내렸다.

2018년 11월 A는 B건설사에 인천시 서구에 건물 하나 지어주면 그 건물을 사겠다고 계약을 맺었다.

2020년 7월 23일 A는 B건설사에 대금 일부를 주고 외상으로 건물을 사 갔다. 건물이 완성되고 사용승인까지 마쳤기 때문이었다.

A는 부가가치세 매입공제를 위해 B건설사에 매입세금계산서를 하나 떼달라고 했는데, B건설사는 전체 대금에서 외상금 빼고 A가 준 돈에 대해서만 매입세금계산서를 떼줬다.

부가가치세는 실제는 최종 소비자가 내는 구조이나, 사업자(매입자)가 사업과 관련해 사들인 물건이나 서비스에 대해선 부가가치세에 대해선 어차피 팔려고 사들인 것이니 해당 매입대금에 대한 부가가치세는 공제해준다.

2021년 3월 30일 A는 B건설사에 나머지 외상금(잔금과 추가공사비) 등을 주고, 건설사는 A에게 2021년 3월 30일자를 작성일자로 전체 건물대금 매입세금계산서를 줬다.

A는 이 전체대금에 대한 세금계산서로 매입세액공제를 서인천세무서에 신청했다.

그런데 이 매입세금계산서는 B건설사가 잘못 작성한 거 였는데, 외상으로 물건을 팔았을 경우 작성일자는 물건을 판 날(공급일자)이 되어야 하고(2020년 7월 23일), 외상금을 받아서 최종 매입세금계산서를 발급한 날은 세금계산서 발급일자(2021년 3월 30일)가 돼야 했다.

그런데 B건설사는 외상 판매를 한 날(작성일자)을 최종 외상금 받은 날(매입세금계산서를 발급한 날, 02021년 3월 30일)과 똑같이 맞춰서 A에 줬다.

A는 2021년 7월경 작성일자가 잘못된 매입세금계산서를 가지고 서인천세무서에 매입세액공제를 해달라고 서류를 제출했고, 서인천세무서는 물건 산 날(작성일자)이 공급일자와 맞지 않다고 공제를 거부했다.

A는 B건설사한테 매입세금계산서 고쳐서 다시 보내 달라고 요청했고, B건설사는 작성일자를 외상판매 날짜로 맞춘 제대로 된 매입세금계산서를 2021년 11월 12일 발급해서 A에 줬다.

A는 이걸 가지고 매입세액공제 해달라며 서인천세무서를 찾아갔는데, 또 거절당했다.

처음에는 작성일자가 문제였는데, 이번엔 발급일자가 문제였다.

사실 세법에서 세금계산서 수정은 예민한 문제로, 세금계산서를 조작해 탈세하는 경우가 자주 발생하다 보니 단순오류로 인한 수정이라도 발급사유와 발급기한을 명확히 제한해두고 있다.

2022년 2월 15일 부가가치세법 시행령(대통령령) 32419호가 시행되기 전에는 세금을 신고하기 전에는 확정신고 기한 전까지 세금계산서 수정을 제한적으로 허용한다(부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제6호).

세금 신고 후에는 사실과 다른 세금계산서(사실상 세금계산서 수정)로 매입공제를 할 경우 확정신고 기한 후 6개월 이내에 발급받은 세금계산서로만 매입공제를 허용했다(부가가치세법 시행령 제75조 제7호).

서인천세무서는 A에 작성일자를 잘 고쳐온 건 좋은데, 사실과 다른 세금계산서로 인한 매입공제 허용기한은 확정신고 기한(2021. 1. 25.) 다음날로부터 6개월이니, 2021년 7월 25일까지 발급받은 세금계산서로 매입공제 신청을 해야 하는데, A가 새로 갖고 온 완전 수정판 세금계산서는 2021년 11월 12일 발급된 것이니 받아 줄 수 없다며 재차 거부했다.

A는 B건설사가 처음 준 계산서는 단순오류가 있을 뿐 물건과 돈이 오간 건 명백하고, 첫 매입공제 신청 자체는 B건설사로부터 2021년 3월 30일 발급받은 매입세금계산서로 신청했기에 이를 통해 확정기한 후 6개월 이내란 요건은 완성되었다고 항변했다,

그럼에도 서인천세무서가 법에서 정해진 날짜 이후 발급된 세금계산서로는 공제를 줄 수 없다고 거절하자, A는 세무서는 포기하고, B건설사를 상대로 손해배상청구소송을 제기했다.

A는 B건설사가 엉터리 세금계산서를 준 탓에 매입세액공제를 받지 못해 엄청난 금액의 손실을 봤다고 주장했지만, 대법원은 세금환급 못 받은 거와 손해의 책임간 인과관계가 없다며 원고 패소 판결했다.

그렇지만, 대법은 환급세금을 내줄지 안 내줄지 결정할 권한은 과세당국에 있는데, 환급과 아무 권한도 없는 B건설사에게 씌울 책임은 없다면서도 B건설사가 단순실수로 세금계산서를 발급한 건 맞고, A가 법에서 정한 기한(21. 7. 25.) 내 매입세액공제를 신청한 건 맞으니 A가 서인천세무서에 경정청구를 해보라는 취지로 판결 내렸다.

A는 이러한 사정으로 조세심판원에 심판청구를 제기하게 됐고, 심판원은 대법 판결 취지를 존중해 경정해주라는 취지(경정청구 거부처분 취소)로 결정했다.

심판원은 “청구법인은 쟁점건물 사용승인일(2020.7.23.)이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한(2021.1.25.)의 다음 날부터 6개월 이내인 2021년 3월 30일 쟁점세금계산서를 발급받은 것으로 나타나고, 쟁점도급계약서, 쟁점건물 건축물대장 및 대금지급 내역 등을 통해 해당 거래사실이 확인된다”라며 “본 사안 관련 대법원 선고 취지에 따라 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 예외적으로 공제받을 수 있는 것으로 보인다”라고 전했다.

세금계산서 중 필요적 사항 일부를 단순 실수로 작성했을 경우라도 매입공제를 받을 수 있는데, 기왕이면 세금신고하기 전에 수정세금계산서를 받아서 하는 것이 좋다.

A의 사례는 설령 제대로 세금계산서 수정이 안 되었어도 거래실질상 전혀 문제가 없고, 매입공제 신청도 법적 형식요건에 맞춰 신청했다면 공제를 주라고 한 건으로 A가 이기긴 했지만, 거래자간 민사소송에서 행정당국에 대한 심판으로 돌아오면서 많은 시간과 비용을 써야 했다.

사실 이 다툼은 단순오류 세금계산서를 발급할 수 있는 기한과 단순오류 세금계산서로 매입공제를 받을 수 있는 예외 기한이 서로 달라서 발생한 측면이 있는데, 현재였다면 문제가 없었을 것이다.

해당 사건이 있었던 부가가치세법 시행령 32419호 시행 이전에는 단순오류 수정세금계산서 발급은 확정기한 전까지 해놓았다(부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제6호),

그런데 단순오류 세금계산서를 수정해 매입공제를 받으려고 할 경우엔 수정 세금계산서 발급기한을 확정기한 후 6개월 이내로 두었었다(부가가치세법 시행령 제75조 제7호).

2022년 2월 15일 32419호 시행 이후부터 둘 다 확정신고 다음날로부터 1년까지 수정 발급을 가능하게 했다. 시행 전에는 기한도 짧고, 세금계산서 수정과 사실과 다른 세금계산서 매입공제 예외적 허용, 두 제도간 기한 차이 등으로 납세자와 과세당국간 분쟁이 계속 발생한 탓이다.

세금계산서 단순오류 수정기한과 관련 경정청구 기한을 일치시켰고, 현재는 확정신고 이후 1년 정도로 늘어나면서 A 같은 사건을 확연히 줄어들게 설계했다.

그렇지만, 1년 넘어서 재수정 세금계산서를 발급할 경우 또 분쟁이 생길 수 있으니 되도록 확정기한 후 1년 내 수정 및 발급을 마쳐서 공제신청을 해야 불필요한 분쟁을 겪지 않을 수 있다.